Durante sus años de formación en Europa entró en contacto con corrientes científicas de vanguardia, pero al regresar al país comprendió que el mayor desafío no estaba únicamente en la investigación clínica sino en la desigualdad estructural que atravesaba a la Argentina. Hospitales insuficientes, enfermedades prevenibles sin control y vastas regiones sin acceso a atención médica formaban parte de una realidad que exigía decisiones políticas, no solo saber técnico.
Ese punto de inflexión llegó en 1946, cuando el entonces presidente Juan Domingo Perón lo convocó para organizar la Secretaría de Salud Pública, que poco después se transformaría en Ministerio. Carrillo se convirtió así en el primer ministro de Salud de la Nación, inaugurando un área del Estado que hasta entonces no existía como estructura autónoma.
Desde ese lugar impulsó una transformación inédita. Bajo su gestión se construyeron 234 hospitales a lo largo y ancho del territorio nacional, ampliando de manera decisiva la infraestructura sanitaria. También promovió la creación de la primera fábrica nacional de medicamentos, con el objetivo de garantizar producción pública y acceso equitativo a tratamientos esenciales. Se ampliaron las campañas de vacunación y se desarrollaron políticas de prevención que redujeron drásticamente la mortalidad infantil y las enfermedades infecciosas. La salud pública dejó de ser un servicio fragmentado para convertirse en un sistema con planificación centralizada y alcance federal.
Carrillo sostenía que las enfermedades no podían entenderse aisladas de las condiciones de vida. La pobreza, la vivienda precaria, la falta de agua potable y el hacinamiento eran, para él, factores tan determinantes como cualquier bacteria. Esa mirada integral, que hoy asociamos con la medicina social, lo posicionó como un pionero en América Latina.